La forma organizativa del Foro Paulo Freire, adoptada desde el tercer plenario general, en noviembre de 2004, es La Mesa de Coordinadores con un representante por cada institución que participa de la red.

Esta Mesa de Coordinadores se reúne periódicamente y sus resoluciones son refrendadas por los Plenarios Generales que se realizan cada cuatro meses, instancia esta de participación y construcción de caminos y orientaciones a seguir.